صنایع غذایی و تبدیلی نقش محوری در اقتصاد ملی و اشتغال ایفا می‌کند. از سوی دیگر، امنیت، کیفیت و ایمنی مواد غذایی به یکی از مهم‌ترین دغدغه‌های جوامع و صنایع تبدیل شده است.

پژوهشکده علوم و فناوری مواد غذایی جهاددانشگاهی، با درک این ضرورت‌ها، فعالیت پژوهشی خود را از سال ۱۳۶۹ در قالب گروه کشاورزی آغاز کرد. این مرکز با توسعه فعالیت‌های خود، در سال ۱۳۸۶ موافقت قطعی خود را از جهاددانشگاهی و متعاقباً از وزارت علوم، تحقیقات و فناوری اخذ نمود و با سه گروه پژوهشی تأسیس شد.